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| Dopo aver scansionato la rete e quindi indicizzato (nel senso di raggruppato) una grandissima mole di pagine web, il motore di ricerca passa alla seconda fase: classificarle e posizionarle in base a delle parole chiave che rispecchino il più possibile il sito. In questo modo i motori di ricerca, tramite particolari algoritmi, assicurano ai loro utenti contenuti validi e aggiornati. Ogni motore utilizza algoritmi particolari, come il PageRank di Google, che attribuisce ad una pagina un'importanza che dipende dal numero di collegamenti che puntano a tale pagina dagli altri siti internet.
Ultimamente i motori di ricerca tendono a penalizzare, ma non sempre, l'uso di segnalazioni/indicizzazioni automatiche tramite software. Indicizzazioni ripetute della stessa pagina vengono considerate spam.
I tempi di indicizzazione di un sito internet possono variare da poche settimane ai tre mesi. Nel caso si utilizzi il servizio pay per inclusion l'indicizzazione avviene dopo pochi giorni, versando una somma per ogni pagina che si intende far indicizzare. Con questo metodo l'inserimento della pagina è garantito.
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